No encuentro CifradorReferencia

¿Seguro que has puesto los ficheros donde hemos indicado?

en algún sitio del PC crea un directorio
... / e1

en ese directorio, crea un subdirectorio
... / e1 / cifrador

pon ahí los ficheros de la web
... / e1 / cifrador / Vigenere.java
... / e1 / cifrador / CifradorReferencia.class

si usas BlueJ,
dile que abra un fichero en ese sitio
http://www.lab.dit.upm.es/~lprg/curso/e1/e1_open.png

cuando crees tu batería de pruebas
... / e1 / cifrador / CifradorTest.java

el BlueJ debe tener esta pinta
http://www.lab.dit.upm.es/~lprg/curso/e1/e1_cifrador.png

Si usas DrJava, el asunto es aún más fácil:
ves directamente al directorio
... / e1 / cifrador
y abre el fichero; el solito se aclara con los paquetes.