¿he hecho bastantes pruebas ya?

Eso lo deberías saber tu mismo:
¿qué cobertura de caja negra crees que has alcanzado con tus pruebas?

Debes probar todo lo que se dice en el enunciado y en el javadoc de Vigenere.java y CifradorReferencia.java.
Y cada una de esas cosas debes probarla con
- 1 dato "normal"
- datos extermos (caracteres primero y último del alfabeto, códigos antes, dentro y después del rango [0..94])
- algún otro caso que te parezca sospechoso