e3: ¿por dónde empiezo?

Por el principio, por supuesto. Y vas añadiendo funciones poco a poco, compilando y comprobando que lo hecho funciona bien antes de pasar a lo siguiente. Para "ver" si va bien necesitarás trazas y usar los casos de prueba publicados.

1. Crea la clase cifrador.ui.CifradorFicheros
importando los cifradores y descifradores incrementales,
así como los codificadores y descodificadores base64

2. Crea un Logger con el nombre del enunciado
(puedes crear loggers tuyos con otros nombres)

3. Crea el método main
copiando el javadoc del enunciado

4. Captura los argumentos y escribe la traza que se pide

ya puedes empezar a compilar y ver si funciona ...

5. Usa el primer argumento para decidir si tienes que cifrar o que descifrar
y actua en consecuencia, siempre trazando para comprobar que vas bien