e3: al cifrar, ¿necesito un char[]?

Es cierto que el cifrador devuelve una String,
puedes pasarla a un char[] para guardarla en el disco:

String criptograma= cifrador.cifra(...);
char[] chars= criptograma.toCharArray();
writer.write(chars);

o puedes hacerlo directamente

String criptograma= cifrador.cifra(...);
writer.write(criptograma);