e2: al descifrar me salen códigos negativos ¿qué pasa?

Es normal, y debes tenerlo en cuenta.

Si ctc es el código del texto cifrado (criptograma)
y ccl es el código de la clave,
debes hacer algo así al descifrar

while (ctc < ccl) ctc+= ALFABETO.length;
ctd= (ctc - ccl) % ALFABETO.length;

siendo ctd el código del texto descifrado.