p5: ¿hay que cambiar el constructor de Simulador?

Sí.
ArrayList<Object> -- pasa a -- List<Animal>

Algo así

/**
* Crea un simulador que trabajará con una serie de especies que se pasan como parámetro y que empieza en
* el primer paso de la simulación con una lista de animales prefijada.
*
* @param especies Lista con las clases que representan las distintas especies que se considerarán en el simulador.
* @param colores Lista con los colores a asignar a cada una de las especies que se indicó en el parámetro anterior, "especies".
* @param animales Lista con los animales a incluir en el campo y con los que se iniciará la simulación. Cada animal ha de tener correctamente prefijada su localización.
*/
public Simulador(List<Class> especies, List<Color> colores, List<Animal> animales) {